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2026년 세제 개편안에서 주택 양도소득세 관련 가장 주목할 부분은 1세대 1주택자의 장기보유특별공제(장특공)이다. 현행 제도는 주택의 보유기간과 거주기간을 각각 공제율에 반영하지만, 개정안에서는 보유기간보다 실제 거주기간을 중심으로 공제하도록 단계적으로 전환한다.
현행 소득세법상 1세대 1주택자가 장특공을 적용받는 경우 보유기간에 대해 연 4%, 거주기간에 대해 연 4%를 각각 적용한다. 보유기간과 거주기간을 합산한 공제율은 최대 80%다. 따라서 10년 이상 보유·10년 이상 거주의 경우 최대 공제율을 적용받을 수 있다.
개정안은 2028년부터 공제율을 변경한다. 2028년에는 보유기간에 대한 공제율을 연 2%로 낮추는 대신 거주기간에 대해 연 6%를 적용한다. 이후 2029년부터는 보유기간에 따른 공제를 폐지하고 거주기간에 연 8%를 적용하는 방식으로 전환한다. 최대 공제율 80%라는 틀은 유지되지만, 실제 거주기간이 짧은 주택의 경우 장기보유에 따른 공제는 크게 축소된다.
공제율만이 아니다. 공제금액 한도가 신설된다. 개편안에 따르면 2028년부터 장기거주소득공제에 인별 연간 한도와 양도 물건별 한도를 두며, 양도차익이 큰 고가주택은 공제율을 80%까지 적용받더라도 실제 공제받을 수 있는 금액이 제한될 수 있다. 2028년에는 양도 물건별 20억 원, 2029년부터는 10억 원의 한도가 적용되는 구조다.
이 때문에 ‘10년 보유·10년 거주면 무조건 양도차익의 80%를 공제받는다’고 이해하면 안 된다. 공제율과 공제금액 한도를 별도로 계산해야 한다. 특히 취득가액이 낮고 현재 시가가 크게 상승한 고가주택은 양도차익 자체가 크기 때문에 거주기간이 충분해도 공제한도에 걸릴 가능성이 있다.
예를 들어 양도차익이 30억 원인 주택의 장기거주소득공제율이 80%라면 단순 계산상 24억 원을 공제할 수 있지만, 양도 물건별 공제한도가 적용되면 실제 공제액은 이보다 제한될 수 있다. 따라서 개정 이후에는 ‘적용 공제율’뿐 아니라 ‘공제 대상 금액의 한도’까지 확인해야 정확한 양도소득세를 계산할 수 있다.
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종합부동산세도 실거주 여부에 따라 1세대 1주택자의 기본공제금액을 달리하는 방향으로 개편된다. 현행 1세대 1주택자의 기본공제금액은 12억 원인데, 개정안에서는 실제 거주하는 경우 14억 원으로 높이고 비거주 주택은 9억 원으로 낮추는 방안이 제시됐다. 즉 보유세에서도 실거주 여부가 공제금액을 결정하는 기준이 된다.
이번 개편은 단순히 장기보유특별공제율을 조정하는게 아니다. 2028년에는 보유기간 공제율을 축소하고 거주기간 공제율을 확대하며, 2029년부터는 보유기간 공제를 사실상 없애고 거주기간 중심의 공제체계로 전환한다. 여기에 고액 양도차익에 대한 공제한도까지 신설된다.
따라서 향후 1세대 1주택자의 양도소득세는 ‘취득일과 양도일 사이의 보유기간’만으로 판단하기 어렵다. 양도 당시의 거주기간, 양도차익 규모, 양도가액, 공제한도를 함께 계산해야 한다. 특히 장기간 보유했지만, 거주기간이 짧거나 양도차익이 큰 고가주택이라면 개정 전후 양도 시점에 따라 세 부담이 크게 달라질 수 있어 연도별 세액을 비교할 필요가 있다.
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